Chiesa di Santa Margherita in Trastevere, Gereja paroki Renaisans di Trastevere, Roma, Italia.

Gereja Santa Margherita in Trastevere berdiri di piazza di Sant'Apollonia, di kawasan Trastevere, Roma. Fasadnya bertingkat dua dan dimahkotai salib dengan ranting palma; pada bagian depannya tertera dedikasi ganda kepada Santa Margherita, perawan dan martir, serta Santo Emygdius, uskup dan martir. Di dalam, satu nave beratap kubah barel dan apse setengah lingkaran membuka ke tiga kapel samping.

Gereja ini dipesan pada tahun 1680 oleh Kardinal Girolamo Gastaldi dan dibangun kembali oleh arsitek Carlo Fontana, mengubah orientasi asli yang berasal dari tahun 1288. Transformasi ini mencerminkan gerakan pembaruan pada periode Barok yang membentuk ulang banyak bangunan di seluruh Roma.

Altar utama menampilkan lukisan Giacinto Brandi berjudul «Santa Margherita Mengalahkan Iblis», dibuat pada 1680–1683 untuk gereja yang dibangun kembali; lukisan oval di sisinya karya Giuseppe Ghezzi. Di kapel kiri tergantung «Immaculata di antara Santo Fransiskus dan Santa Klara» karya Baciccio. Fasadnya memuat dua dedikasi, kepada Santa Margherita dan kepada Santo Emygdius, uskup dan martir.

Gereja ini berdiri di piazza di Sant'Apollonia 13, Trastevere, beberapa langkah dari viale di Trastevere. Biara di sebelahnya telah diubah menjadi hunian, sehingga pintu gereja menjadi satu-satunya akses. Hingga 1996 Confraternita di Sant'Emidio bertugas di sini; sejak 2 Februari 1997 gereja dipercayakan kepada seorang imam Vikariat Roma.

Gereja ini juga dikenal dengan nama Santa Margherita della Scala dan Santa Elisabetta; para biarawati tinggal di sini sebagai bizzoche tanpa kaul klausura, sebagaimana ditegaskan dalam berita acara kunjungan di Roma pada masa Aleksander VII. Pada fasadnya tertera dua dedikasi, kepada Santa Margherita dan Santo Emigdius, uskup dan martir.